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《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税2009年60号) 规定，企业清算的所得秘处理，是指企业在不再持续经营，发生结束自身业务、处置资产、偿还债务以及向所有老公配剩全财产等经济行为时，对清算所得、清算所得税、股息分配等事项的处理。
《企业所得税法实施条例》第十一条：“企业所得税法第五十五条所称清算所得，是指企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。
投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得；剩余资产减除上述股息所得后的余额，超过或者低于投资成本的部分，应当确认为投资资产转让所得或者损失。”
企业层面清算所得税计算
根据财税2009年60号和国税函2009年388号规定：清算所得=资产处置损益+负债清偿损益-清算费用-清算税金及附加+其他所得或支出。
资产处置损益=资产的可变现价值或交易价格-资产的计税基础
资产的可变现价值或交易价格=货币资金+清算债权的可回收金额+存货的可变现价值+固定资产的可变现价值+其他资产的可变现价值。负债清偿损益=负债的计税基础-负债的清偿金额。
需要注意的是：资产负债表中的递延所得税资产与递延所得税负债，应予以转回，清算无需考虑。
清算费用：纳税人清筑过程中发生的与清算业务有关的费用支出，包括清算组组成人员的报酬清算财产的管理、变卖及分配所需的评估费、咨询费等费用，清算过程中支付的诉讼费用、饰裁费用用及公告费用，以及为维护债权人和股东的合法权益支付的其他费用。
清算税金及附加：纳税人消算过程中发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。
其他所得或支出：纳税人清算过程中取得的其他所得或发生的其他支出。
需要注意的是：清算时期不属于企业正常的生产经营期间，不适用优惠税率，应适用法定税率25%。这里的优惠税率包含，小型微利企业优惠税率、高新企业优惠税率、各种定期减免优惠等等。
（二）股东层面的所得税计算
《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]60号)规定，企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。
被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
剩余财产=资产可变现价值或交易价格-清算费用-职工工资-社会保险费用-法定补偿金-清算税金及附加- 清算所得税额-以前年度欠税额-其他债务。
股息所得=(累计未分配利润+累计盈余公积)×持股比例
投资转让所得或损失=(剩余资产×持股比例 – 股息所得税)-股权投资成本
（三）企业所得税清算实例
百花公司由A和B两个法人股东持股，比例分别为30%和70%，初始投资成本分别为36万和84万。由子正常原因(经营期满)而决定终止经营，截止至终止经营目的资产负债表和所有者权益表如下图所示，百花公司发生清算费用10万元，支付职工薪酬50万，清算过程发生的相关税金2万元，百花公司一直适用小型微利企业享受优惠税率。假设不存在免税、不征税以及亏损等事项。
解析：(1) 公司层面清算
资产处置损益=可变现价值或交易价格-计税基础=620-500=120万，负债清偿损益=计税基础-负债清偿金额=310-280=30万。
清算所得=资产处置损益+负债清偿损益-清算费用-清算税金及附加+其他所得或支出=120+30-10-2=138 万。
应纳税所得额= 清算所得-免税收入-不征税收入-其他免税所得-弥补以前年度亏损=138万。
应纳所得税额=应纳税所得额×法定税率=138×25%=34.5万。
(2) 股东层面清算
剩余财产=资产可变现价值或交易价格-清算费用-职工工资 – 社会保险费用-法定补偿金-清算税金及附加-清算所得税额 – 以前年度欠税额-其他债务=620-10-50-2-280=287万。
A公司股息所得 =(累计未分配利润+累计盈余公积)×持股比例=50×30%=15万
B公司股息所得=(累计未分配利润+累计盈余公积)×持股比例=50×70%=35万
A公司投资所得 =(剩余资产×持股比例-股息所得税)-股权投资成本=(287×30%-15)-36=35.1万
B公司投资所得=(剩余资产×持股比例-股息所得税)-股权投资成本=(287×70%-35)-84=81.9万。
根据企业所得税法规定，居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，属于免税收入。A和B应对股息所得作为免税收入，对于投资所得需要作为征税收入。
（四）清算所得是否可以弥补以前年度亏损
《中华人民共和国企业所得税法》；第十八条企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。
《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]160 号)四、企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。
根据上述规定，企业清算期作为一个独立的纳税年度，其清算所得可以弥补以前年度亏损。
（五）清算期间的广宣费、业务招待费的扣除
总局答复意见：《国家税务总局关于印发<中华人民共和国企业清算所得税申报表>的通知》(国税函[2009]388号)“清算费用”填报内容规定，填报纳税人清算过程中发生的与清算业务有关的费用支出，包括清算组组成人员的报酬，清算财产的管理、变卖及分配所需的评估费、咨询费等费用清算过程中支付的诉讼费用、仲裁费用及公告费用，以及为维护债权人和股东的合法权益支付的其他费用。
根据上述规定，清算期间业务招待费应按照税法规定的比例和额度列入清算费用之内。
原则上，清算期的费用扣除规定比照正常经营期间的处理。
部分观点认为，对于以前年度结转的广宜费用，由于之前是以收入为基础进行税前限额扣除，因此不得结转到清算年度进行税前扣除。
（六）清算期间的税率及优惠政策适用
企业清算期间不属于正常生产经营，不享受法定减免税优惠，其包括不限于小型微利企业优惠税率、高新技术企业15%税率、定期减免税额等，统一适用25%的法定基本税率。
需要注意的是，对于居民企业之间的股息、红利、国债利息收入等依然享受免税政策。
（七）由法人组织变更为非法人组织
《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)第四条第(一)款：
企业由法人转变为个人独资企业、合伙企业等非法人组织，或将登记注册地转移至中华人民共和国境外(包括港澳台地区)，应视同企业进行清算、分配，股东重新投资成立新企业。
企业的全部资产以及股东投资的计税基础均应以公允价值为基础确定。
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