公司与已在其他公司购买社保的员工签劳动合同后只发工资不买社保，在税务方面存在一定风险，具体如下：

企业所得税风险

扣除凭证风险：虽然工资支出可凭工资表等在企业所得税前扣除，但税务机关可能会质疑未缴纳社保的工资支出的合理性与真实性。若无法提供合理说明及相关证据，如员工在其他公司缴纳社保的证明、双方签订的劳动合同明确工作安排等，可能导致部分工资支出不能在企业所得税前扣除，增加企业所得税税负。
关联交易风险：若该员工与公司存在关联关系，如股东的亲属等，仅发工资不买社保可能被税务机关认定为通过不合理的工资支出转移利润，以达到少缴企业所得税的目的，进而引发税务调整。

个人所得税风险

扣除项目争议：员工在其他公司缴纳的社保中个人承担部分，通常不能在本公司申报个人所得税时扣除。但在计算应纳税所得额时，可能存在企业误将这部分社保费用扣除或员工要求扣除的情况，导致个人所得税申报不准确，产生税务风险。
收入真实性审查：税务机关在进行个人所得税汇算清缴等工作时，会对员工收入的真实性进行审查。只发工资不买社保可能引起税务机关对工资真实性的关注，若发现工资发放存在异常或与实际工作情况不符，可能会对员工和企业进行调查，影响个人所得税申报的合规性。

税务稽查相关风险

数据比对异常：随着税务系统信息化建设的推进，税务机关会将企业的工资发放数据、社保缴纳数据等进行比对。公司有员工只发工资不买社保，会导致数据比对异常，容易被税务机关列为稽查对象。
引发税务质疑：税务稽查时，税务机关可能会认为企业未履行法定的社保缴纳义务，进而对企业的财务核算、税务申报等其他方面进行全面检查，若发现其他税务问题，将面临更严重的税务风险。

工资和社保分开的过渡方案

1、企业人资不变的情况：企业需要从多方面证实其合法性，比如提供企业调配协议、按协议发放薪酬的记录以及有签名的文件等。只有这样，在面对税务稽查时，企业才能证明其操作的合理性，避免被认定为存在问题。

2、企业人员调配的情况：比如小王在上海总部交社保，调拨到武汉分公司只扣个税为例。账务上可以把这部分社保作为其他应收 / 应付挂账，武汉公司可提供内部证据作为税前列支。

通常有以下几种解决方式

1、以现有业务主体为主，不额外增加设立主体，说服员工接受变通方案。此方案适用于希望保持现有主体稳定，同时解决异地员工社保等问题的企业。例如，当企业有员工被派往外地分公司工作时，可以通过与员工协商，明确工资、社保和个税的处理方式，确保操作合规。

2、以员工属地社保为主，企业额外增加设立各地主体，满足员工属地化参保需求。对于在多个地区有业务的企业，可以考虑在不同地区设立子公司或分支机构，专门负责当地员工的社保缴纳等事宜，确保工资、社保和个税在同一主体下。